法律分析：视情况而定。存疑不起诉不会留下案底，案底只能由人民法院依法判决，如果确实构成犯罪的，人民法院判决生效以后会有案底；存疑不起诉说明行为人并未被法院定罪，也就是无罪之人，自然没有案底的。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百条在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
法律分析：民事诉讼不会留下案底,案底是犯罪人的犯罪记录,是会记录到个人档案中的,刑事诉讼中定罪的人才会有案底,还有另外的一种案底,就是案情的记录,但通常说的案底就是犯罪记录。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》
第二百七十五条犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。
犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。
最高人民法院最高人民检察院公安部国家安全部司法部《关于建立犯罪人员犯罪记录制度的意见》犯罪记录是国家专门机关对犯罪人员情况的客观记载。犯罪记录制度是现代社会管理制度中的一项重要内容。为适应新时期经济社会发展的需要，进一步推进社会管理创新，维护社会稳定，促进社会和谐，现就建立我国犯罪人员犯罪记录制度提出如下意见。
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